Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d’autres garc¸ons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit.
Il n’a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d’étranges rêves à propos d’une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D.
En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu’il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver un moyen de s’en échapper.